Los "Manuales de Organización" constituyen la herramienta administrativa que describe la misión, objetivos, reseña histórica, funciones de los puestos, servicios y contribuyen al mejor desempeño de las unidades administrativas y órganos administrativos desconcentrados que constituyen la Secretaría de Educación Pública, ya que facilitan la delimitación de funciones y responsabilidades de los servidores públicos, por lo que es necesario mantenerlos actualizados y alineados al marco normativo.
Mediante el Manual de Organización se identifican las líneas de comunicación y se implementan los procesos sustantivos y administrativos de la SEP.
Manual de Organización de la O del C. Secretario.
Manual de Organización de la Oficina del C. Secretario.
Manual de Organización de la JOS
Manual de Organización de la Jefatura de la Oficina del Secretario.
Manual de Organización de USCIPSE
Manual de Organización de la UAJyT
Manual de Organización de la Unidad de Asuntos Jurídicos y Transparencia.
Manual de Organización de la DGANCLyT
Manual de Organización de la DGCS
Manual de Organización de la Dirección General de Comunicación Social.
Manual de Organización de la CGDFSEP
Manual de Organización de la CGEIB
Manual de Organización de la Coordinación General de Educación Intercultural y Bilingüe.
Manual de Organización de la DGRI
Manual de Organización de la Dirección General de Relaciones Internacionales.
Manual de Organización del OIC en la SEP
Manual de Organización del Órgano Interno de Control en la Secretaría de Educación Pública.
Manual de Organización de las Delegaciones Federales de la SEP
Manual de Organización de la CODySP
Manual de Organización de la Coordinación de Órganos Desconcentrados y del Sector Paraestatal.
Manual de Organización de la CGAC
Manual de Organización de la Coordinación General de Atención Ciudadana.
Manual de Organización de la OSES
Manual de Organización de la Oficina de la Subsecretaría de Educación Superior.
Manual de Organización de la DGESU
Manual de Organización de la Dirección General de Educación Superior Universitaria.
Manual de Organización de la CGUTyP
Manual de Organización de la Coordinación General de Universidades Tecnológicas y Politécnicas.
Manual de Organización de la DGESPE
Manual de Organización de la DGPROF
Manual de Organización de la Dirección General de Profesiones.
Manual de Organización de la OSEMS
Manual de Organización de la Oficina de la Subsecretaría de Educación Media Superior.
Manual de Organización de la CSP de la SEMS
Manual de Organización de la CSDA de la SEMS
Manual de Organización de la UEMSTI y S
Manual de Organización de la DGETA
Manual de Organización de la Dirección General de Educación Tecnológica Agropecuaria.
Manual de Organización de la DGECyTM
Manual de Organización de la Dirección General de Educación en Ciencia y Tecnología del Mar.
Manual de Organización de la DGB
Manual de Organización de la Dirección General del Bachillerato.
Manual de Organización de la DGCFT
Manual de Organización de la Dirección General de Centros de Formación para el Trabajo.
Manual de Organización de la SEB
Manual de Organización de la Subsecretaría de Educación Básica.
Manual de Organización de la DGDC
Manual de Organización de la Dirección General de Desarrollo Curricular.
Manual de Organización de la DGME
Manual de Organización de la Dirección General de Materiales Educativos.
Manual de Organización de la DGDGE
Manual de Organización de la Dirección General de Desarrollo de la Gestión Educativa.
Manual de Organización de la DGEI
Manual de Organización de la Dirección General de Educación Indígena.
Manual de Organización de la DGFCADPMEB
Manual de Organización de la SPEC
Manual de Organización de la Subsecretaría de Planeación, Evaluación y Coordinación.
Manual de Organización de la DGPEE
Manual de Organización de la Dirección General de Planeación, Programación y Estadística Educativa.
Manual de Organización de la DGEP
Manual de Organización de la Dirección General de Evaluación de Políticas.
Manual de Organización de la DGAIR
Manual de Organización de la Dirección General de Acreditación, Incorporación y Revalidación.
Manual de Organización de la DGSIGED
Manual de Organización de la Dirección General del Sistema de Información y Gestión Educativa.
Manual de Organización de la DGTVE
Manual de Organización de la Dirección General de Televisión Educativa.
Manual de Organización de la OM
Manual de Organización de la Oficialía Mayor.
Manual de Organización de la DGRHyO
Manual de Organización de la Dirección General de Recursos Humanos y Organización.
Manual de Organización de la DGPyRF
Manual de Organización de la Dirección General de Presupuesto y Recursos Financieros.
Manual de Organización de la DGRMyS
Manual de Organización de la Dirección General de Recursos Materiales y Servicios.
Manual de Organización de la DGTIC
Manual de Organización de la Dirección General de Tecnologías de la Información y Comunicaciones.
Autoridad Educativa Federal en la Ciudad de México (AEFCM)
Manual de Organización de la Oficina del TAEFCM
Manual de Organización de la Coordinación de Asuntos Jurídicos (CAJ)
Manual de Organización de la DGNyAM
Manual de Organización de la DGIFyA
Manual de Organización de la DGOSE
Manual de Organización de la DGPPyEE
Manual de Organización de la DGSEI
Manual de Organización del OIC en la AEFCM
Manual de Organización de la DGEST
Unidad del Sistema para la Carrera de las Maestras y Maestros(USICAM)
Manual de Organización de la USICAM
Manual de Organización de la Unidad del Sistema para la Carrera de las Maestras y Maestros.
Manual de Organización de la Oficina de la CNSPD
Manual de Organización de la Oficina de la Coordinación Nacional del Servicio Profesional Docente.
Manual de Organización de la DGIyR
Manual de Organización de la Dirección General de Ingreso y Reconocimiento.
Manual de Organización de la DGPromoción
Manual de Organización de la Dirección General de Promoción.
Manual de Organización de la DGPermanencia
Manual de Organización de la Dirección General de Permanencia.
Manual de Organización de la DPSyA
Manual de Organización de la Dirección de Planeación, Seguimiento y Administración.
Tecnológico Nacional de México
Manual de Organización General del Tecnológico Nacional de México.
Comisión de Apelación y Arbitraje del Deporte
Manual de Organización de la Comisión de Apelación y Arbitraje del Deporte.
Universidad Pedagógica Nacional
Manual de Organización de la Universidad Pedagógica Nacional.
Coordinación General @prende.mx
Manual de Organización General de la Coordinación General @prende.mx.
Instituto Politécnico Nacional
Manual de Organización General del Instituto Politécnico Nacional.
Universidad Abierta y a Distancia de México
Manual de Organización de la Universidad Abierta y a Distancia de México.