Nació el 8 de mayo de 1753, en el rancho de San Vicente, perteneciente a la hacienda de San Diego Corralejo, jurisdicción de Pénjamo, Guanajuato. Hijo de los españoles don Cristóbal Hidalgo y Costilla y de doña Ana María Gallaga Mandarte, hija de don Antonio Gallaga, arrendatario del rancho de San Vicente. Fue bautizado con los nombres de José, Miguel, Gregorio e Ignacio en la capilla de Cuitzeo de los Naranjos. Pasó su infancia con sus tres hermanos en Pénjamo y, a la muerte de su madre, viajó a Valladolid (hoy Morelia). Ingresó al Colegio de San Nicolás Obispo, donde, en 1770, se graduó como bachiller de letras. Llegó a dominar siete lenguas, entre ellas español, francés, italiano y los principales idiomas indígenas de entonces
Desde su juventud manifestó su inconformidad con el régimen colonial, su oposición a los monopolios y a que los altos cargos militares, eclesiásticos y políticos estuvieran reservados para los peninsulares. Criticó los estudios teológicos y desagradó a las autoridades eclesiásticas porque dijo que en Francia éstos eran de mayor nivel que los de España.
En 1779 se ordenó sacerdote. En 1800 fue denunciado como hereje ante el Santo Oficio de la Inquisición por leer libros prohibidos, cuestionar los dogmas de fe y darse a una vida escandalosa. En 1803, al morir su hermano Joaquín, lo sustituyó en el curato de Dolores, donde continuó su tarea pastoral y de mejoramiento de las condiciones de vida de la gente.
En 1808 perdió sus haciendas familiares de Michoacán, lo que provocó la muerte de su hermano Manuel. Ese mismo año conoció en San Miguel El Grande a don Ignacio Allende, capitán del Regimiento de Dragones de la Reina, quien en broma le dijo “El Endiablado Cura”. Ante la invasión napoleónica de España, Hidalgo, Allende, don Miguel Domínguez y doña Josefa Ortiz, coincidieron en que era necesario impedir que el hereje francés se apoderara de los dominios españoles, por lo que era urgente reasumir temporalmente la soberanía (idea que toman de la sublevación del Ayuntamiento de México en 1808) hasta en tanto Fernando VII fuera restituido en el trono. Sostuvo una reunión con el militar francés Dalmibar, quien le comunicó que Francia promovía la insurrección de las colonias españoles bajo el grito de “Viva la religión y muera el mal gobierno”.
En 1810 Hidalgo participó en la conspiración de Querétaro. El 16 de  septiembre del mismo año, llegó a Atotonilco y de la sacristía del templo sacó una imagen de la Virgen de Guadalupe al óleo, la fijó en la punta de una lanza y la convirtió en la bandera de la insurrección; pretendía mostrar que su movimiento nada tenía de herético.
Enseguida, el ejército insurgente encabezado por Hidalgo marchó a Chamacuero, San Miguel el Grande (en donde el 17 de septiembre se constituyó el primer ayuntamiento presidido por Ignacio Aldama y Apaseo. En Celaya fue aclamado como "Capitán General" o "Generalísimo de América" y Allende como "Teniente General". Con más de 20 mil hombres armados con pocas armas de fuego, siguió a Salamanca, Irapuato, Silao y Guanajuato. Ahí, los españoles, junto con sus familias y sus caudales, se refugiaron en la Alhóndiga de Granaditas, el 28 de septiembre, y después de una lucha en la que la multitud aniquiló a sus defensores, tomó la fortaleza gracias a “El Pípila”, heroico minero, quien quemó la puerta. En el ataque a la Alhóndiga, que duró de las 12 a las 5 de la tarde, estalló el rencor social acumulado por siglos de dominación y murieron el Intendente Riaño, 200 soldados y 150 españoles, así como tres mil insurgentes.
Hidalgo salió a Valle de Santiago y se acercó a la ciudad de Valladolid; entonces, el canónigo Mariano Escandón y Llera cedió ante la inminente caída de esta ciudad en manos de los rebeldes. Así, Hidalgo se apoderó sin resistencia de Valladolid y proclamó la abolición de la esclavitud en la Nueva España. Continuó en triunfo por Indaparapeo, Zinapécuaro, Acámbaro, Ixtlahuaca y Toluca. Nombró a jefes insurgentes para que organizaran la lucha en casi todas las provincias de la Nueva España, incluyendo Texas, como José María Morelos, en el sur; José Antonio Torres, en Guadalajara; José María González de Hermosillo, en las provincias de Occidente; José María Mercado, en Tepic y San Blas; José María Sáenz de Ontiveros, en Durango; Rafael Iriarte, en Zacatecas, así como Mariano Jiménez, Mariano Aldama y Bernardo Gutiérrez de Lara. El 30 de octubre, en el Monte de las Cruces, a las afueras de la Ciudad de México, derrotó al frente de más de 80 mil insurgentes al jefe realista Torcuato Trujillo, que comandaba tres mil soldados profesionales bien armados. Avanzó a Cuajimalpa, pero en lugar de lanzar sus tropas sobre la capital del virreinato, ordenó la retirada.
Llegó  a Ixtlahuaca y, después de sufrir una gran derrota en Aculco,marchó a Valladolid, donde ordenó la matanza de los españoles que tenía presos (lo haría también en Guadalajara). Siguió a Guanajuato y a Guadalajara. Ahí fue recibido con festejos, trató de establecer un gobierno con José María Chico, como ministro de Guerra y Justicia; con Ignacio López Rayón, como secretario de Estado y del Despacho; y nombró a Pascasio Ortiz de Letona embajador plenipotenciario ante Estados Unidos, para negociar un tratado de comercio. En puente de Calderón, Hidalgo sufrió una sangrienta y decisiva derrota a manos de Félix María Calleja, el 17 de enero de 1811. Entonces decidió ir a Estados Unidos en busca de armas y pertrechos; marchó a Zacatecas y, al pasar por la hacienda del Pabellón, se le sometió a juicio: Allende lo acusó de flaqueza por no atacar la Ciudad de México, de provocar la derrota de puente de Calderón y de haber cedido Guanajuato al enemigo; Ignacio López Rayón lo defendió y le propuso dividir el mando otorgando el militar a Allende y el político a Hidalgo; finalmente, Allende asumió el mando supremo como generalísimo y discretamente redujo a Hidalgo a la calidad de prisionero. Ambos continuaron a Saltillo y cerca de Monclova, Allende fue traicionado por Ignacio Elizondo y fueron tomados presos en las Norias de Acatita de Baján, el 21 de marzo de 1811, y conducidos a Chihuahua.
Hidalgo fue interrogado. Finalmente fue obligado a firmar una retractación de sus ideas e intenciones, la cual fue redactada por la Inquisición para su uso propagandístico contrainsurgente.
Por su investidura de sacerdote fue sometido a dos juicios, el militar y el eclesiástico. En materia eclesiástica fue acusado de 53 cargos, a los cuales Hidalgo ya había contestado, meses antes, en 12 puntos: “Jamás me he apartado ni un ápice de la creencia de la santa Iglesia Católica, jamás he dudado de ninguna de sus verdades; siempre he estado íntimamente convencido de la infalibilidad de sus dogmas y estoy pronto a derramar mi sangre en defensa de todos y de cada uno de ellos. Testigos de esta protesta son los feligreses de Dolores y de San Felipe.
El 30 de julio de 1811 fue fusilado en Chihuahua, no sin haber recibido la comunión para que muriera en el seno de la Iglesia Católica y pudiera ser sepultado en camposanto, ya que su discutida excomunión había tenido en realidad un propósito político.
En agradecimiento a las atenciones recibidas por parte del cabo que lo custodiaba, Miguel Ortega, y del carcelero Melchor Guaspe, Hidalgo escribió versos con carbón en una de las paredes del calabozo. Antes de partir al paredón, perdonó y regaló dulces a quienes lo fusilarían. Les dijo: “La mano derecha que pondré sobre mi pecho será hijos míos, el blanco seguro al que habéis de dirigiros”.
Fue sentado en una silla para ser fusilado. Se negó a ser vendado y a dar la espalda al pelotón. Su muerte no fue fácil; fue necesario darle el tiro de gracia para hacerlo morir. El brigadier Nemecio Salcedo hizo que un indio tarahumara cortara la cabeza de Hidalgo de un solo tajo con un machete a cambio de 25 monedas de plata. Su cuerpo decapitado fue expuesto al público.
Su cabeza fue enviada a Guanajuato para ser colocada en una jaula de hierro, que fue colgada en uno de los ángulos de la Alhóndiga de Granaditas; en los otros tres, de igual manera, fueron exhibidas las cabezas de Allende, Aldama y Jiménez, con la siguiente inscripción “Insignes facinerosos, primeros caudillos de la revolución, que saquearon y robaron los bienes del culto de Dios y del Real Erario, derramaron con la mayor atrocidad la inocente sangre de sacerdotes fieles y magistrados justos; fueron causa de los desastres, desgracias y calamidades que experimentamos y que afligen y deploran los habitantes todos de esta parte tan integrante de la nación española”. Las cabezas permanecerían ahí hasta marzo de 1821.
Por decreto del 19 de abril de 1823, el Soberano Congreso Mexicano nombró a Hidalgo "Padre de la Patria" y la Iglesia, libre ya de obispos sujetos a la Corona española, permitió que su cuerpo y su cabeza se depositaran en la Catedral de México. El 15 de enero de 1869 se creó una entidad federativa con el nombre de Estado de Hidalgo. Por decreto presidencial del 18 de abril de 1873, el 8 de mayo, día de su nacimiento, la bandera es izada a toda asta; y en 1925, sus restos fueron trasladados a la Columna de la Independencia.